本書包括導論、主體內容的四章及尾章并代結語共六部分。
導論部分首先明確了選題的意旨：著意于通過近代獄制轉型的研究為當下中國的獄制建設提供某些有意義的借鑒，繼而對于本書的題目作適當的解釋：“‘近代中國”從時間上來看主要指清末新政至北洋政府時期，但由于制度的變遷往往是一個連續的過程，難于以時間來絕對界分，故本書的探討僅以上述的時間范圍為主，而又不能完全受制于這一范圍；近代獄制轉型實質即為從本書所界定的狹義監獄向最狹義監獄轉化的過程；“明暗之間”則主要指出了近代中國獄制轉型的內隱性的評價。國內外研究現狀部分主要介紹了國內監獄史研究四方面的代表性成果，國外研究現狀部分則著重介紹了福柯《規訓與懲罰——監獄的誕生》的貢獻，并簡要評價了馮克的《犯罪、刑罰及近代中國的監獄改革：1895—1949》的寫作特點與不足。最后簡要指明了本書的研究方法與結構。
第一章為近代中國監獄理念的轉型。監獄，從物質層面而言，作為一種器物，實為精神一氣質層面改良之基礎。故而，中國近代的獄制轉型必始于監獄——作為一種國家營造物的改良，也即改良監獄自當以改良監獄建筑物為前提。本章首先梳理了近代以前有關監獄的各種不同的稱謂，繼而系統挖掘了傳統監獄的代表——圜土之制的法律理念：中國傳統刑罰不僅體現報復，更主要是為了恢復被破壞的秩序，天人合一。刑罰體現為一種“天”意，監獄的建筑自然也與“天”相關——監獄的外形即為天之體：圓形。因此，中國古代的“圓形監獄”的建筑形狀實質即為“天人合一”的刑罰觀念的體現。這一“宇宙和諧、天人合一”的觀念，到亍清代則大為淡薄，由此才開始了近代中國的監獄轉型。近代以來，國人游歷西方，深感其獄制之美良，與清末中國監獄的黑暗、污濁相比，朝野上下、志士仁人皆意識到改良監獄乃為當務之急。光緒二十八年十一月十五日山西巡撫趙爾巽上奏《請各省通設罪犯習藝所折文》之后，遂開始了罪犯習藝所的設立，此為近代監獄轉型之嚆矢；其后本章較為詳細地介紹了新監建設中的代表——湖北、奉天及京師模范新監的建設過程及建筑圖式，并深入挖掘了新監之“新”的多層含義——改善了囚人的生存環境；新監建筑所體現的監獄理念與傳統的“圜土之制”迥然相異：新監的理念重在實現對于服刑人的有效監視；新監的建設開創了中國監獄建筑史的新紀元，監獄建筑學由此誕生；新監建設層次性發展的特征及其原因分析。因為少年監的建設集中體現了監獄的分類管理及教育刑理念，故本章最后一部分闡述了中國近代少年監的生成及啟示。
第二章為監獄官的近代轉型。首先概述了近代以前、訟獄一體的體制之下監獄官的設置、要求與待遇等，其后在“近代中國監獄官轉型的序曲與奠基”之中，主要闡述了清末沈家本的主張：“養成監獄官吏與培養監獄專官”理論的提出及張之洞“監獄設專官”的實踐。本章重點分析了民國初期監獄官的設置、選任、監獄官的待遇標準與薪俸、民初監獄招考看守的實踐與意義。最后剖析了近代中國監獄官轉型的一般規律——監獄官官僚體制的確立、監獄官素質與有效控制韻密切關系及這一轉型過程中的經驗與不足。總體而言，監獄官的近代轉型也反映出形式重于實質，最終使得這一轉型也僅僅處于“明暗之間”。
第三章主要分析了監獄管理的近代轉型。從收監到釋放所體現的程序法定；對于服刑人的給養與衛生的法律規定與實然狀態；作為與教育刑理念相配套的制度——勞動與教誨在近代獄制轉型過程中的實然狀況，并指出了對于服刑人的管理理念由傳統的儒家禮教、體恤到近代為了實現對于服刑人的感化教育的宗旨的轉變。．
第四章以假釋制度為核心考查了監獄行刑制度的近代化。這一部分首先梳理了假釋制度由恩典到權利的歷史演進，其后詳盡分析了近代中國立法中假釋制度確立的背景、過程及反映的價值觀念。在詳細分析了民初假釋立法的前提下，本書主要以《奉天監獄檔案》為線索考查假釋在行刑實踐中的具體運作及這一運作過程所體現的“嚴格依法”、“程序法定”、“悛悔有據”、“注重事后考查監督”的特點，并指出這些特點進一步所反映出的始于清末的近代中國轉型時期，社會總體的尊卑觀念還沒有真正轉變，個人仍然未能從家族之中獲得徹底的“解放”，沒有完成個人作為獨立人格的自然人、“從身份到契約”的進化。轉型時期的近代中國仍是或者更主要是一個“熟人社會”，基于“身份”的觀念仍然在眾多的社會領域中有所體現；通過假釋效果的考查分析指出了近代假釋實踐的效益與不足，并進而闡明了雖然民國時期對服刑人實際適用假釋，而且也取得了良好的效果，但是民眾的法律情結更多的還停留于“報復懲戒”，而“教育刑”理念仍然未能深入人心。這同時也說明，制度的指令性運作也許能夠實現，但法律觀念、法律文化的轉型實在是任重而道遠。刑罰觀念實質上是建立于社會心理基礎之上的，而社會心理的轉變是一個極其漫長的過程。因此，近代中國行刑制度的轉型也必然是一個艱難而痛苦的過程。
全書的最后一部分——尾章并代結語，深入分析了近代獄制轉型的動因及對于近代獄制轉型的一些反思。前者主要分析了近代中國獄制轉型的要因——國家層面的政治訴求、理論層面的哲學基礎及監獄本身發展的必然結果等；后者對于近代中國獄制轉型的反思主要關涉：行刑社會化與獄制轉型、獄制轉型與“人治”、獄制轉型與科學技術的發展、經濟因素的影響與社會的需要。如上幾方面的問題也正是中國當下監獄發展與建設必須要特別關切的，同時也是本書通過近代中國獄制轉型的研究對于現在監獄建設的一點貢獻。
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